В результате создания Рыбинской ГЭС и водохранилища было затоплено 4550 кв.км (это почти два государства Люксембург, 1/6 часть территории Бельгии, 1/10 часть Дании, Швейцарии, 1/8 Ярославской области). Более 130 тысяч человек лишились своего крова, будучи переселёнными кое-как, без всяких гарантий получения равноценного жилья.
Из-за спешки в проведении работ не были вырублены леса на площади в 3645 квадратных километров. Благодатные лесные массивы бесцельно погибли под водой.
Наполнение Рыбинского водохранилища обернулось страшной трагедией для множества лесных птиц и животных. Привыкшие к непродолжительным весенним разливам, они и не представляли, какую смертельную опасность им приготовили нелюди-коммунисты, навсегда перегородившие русла Волги и Шексны. Птицы и звери напрасно искали спасения на уменьшающихся с каждым днем островках суши. Все, кто умел плавать, пытались самостоятельно добраться до спасительного материка, но, лишившись сил, тысячами гибли, не сумев доплыть до заветной цели.
Коммунисты пытались скрыть следы своих преступлений: при откровенно сатанинском сталинском режиме лишь упоминание слово «Моло́га» влекло за собой лагерный срок.
Никакими экономическими выгодами не оправдать искалеченные жизни множества людей, разрушение природы и убийство отечественной культуры.
Из рапорта начальника Мологского отделения лагпункта ВОЛГОЛАГа лейтенанта госбезопасности Склярова (орфография писавшего документ сохраняется):
14 сентября 1935 года СНК СССР и ЦК ВКП(б) приняли постановление о начале строительства Рыбинского и Угличского гидроузлов. По первоначальному проекту подпорный уровень (высота зеркала воды над уровнем моря) Рыбинского водохранилища должен был составлять 98 м. 1 января 1937 года проектируемый уровень был повышен до 102 м, что увеличивало количество затапливаемых земель почти вдвое. Увеличение подпорного уровня на 4 метра позволяло увеличить установленную мощность Рыбинской ГЭС с 220 до 330 МВт и создать более ёмкое водохранилище, способное играть роль регулятора. Город Молога лежал на отметках 98-101 м над уровнем моря и, таким образом, попал в зону затопления.
Осенью 1936 г. моложцам было объявлено о грядущем переселении. Местные власти настаивали на том, чтобы до конца года переселить около 60 % жителей города и вывезти их дома, невзирая на то, что было невозможно успеть за два месяца, оставшихся до замерзания Мологи и Волги. Кроме того, сплавляемые дома остались бы сырыми до лета. Выполнить это решение не удалось — переселение жителей началось весной 1937 года и длилось четыре года. К весне 1941 г. город (согласно БСЭ, насчитывавший к тому времени 6100 жителей) опустел, все постройки были перенесены или разрушены. Затопление территории началось 13 апреля 1941 г. Город Молога был окончательно затоплен в 1946 г.
Большая часть мологжан была поселена недалеко от Рыбинска в посёлке Слип, называвшемся некоторое время Новой Мологой. Часть оказалась в соседних районах и городах.
С 1972 г. каждую вторую субботу августа мологжане собираются в Рыбинске, чтобы отметить память своего погибшего города. В день встречи обычно устраивается выезд на теплоходе в район Мологи.
В некоторые годы из-за маловодья уровень Рыбинского водохранилища понижается, позволяя бывшим жителям посетить на теплоходе обнажившуюся часть затопленного города (были видны мощёные улицы, контуры фундаментов, кованые решётки и могильные плиты на кладбище). В августе 2014 г. над водой даже проступили остатки построек.
В числе затопленных оказалась Леушинская Иоанно-Предтеченская женская обитель, основанная в 1875 г. в селе Леушино близ речки Шексна. В конце ХХ века на на берегу Рыбинского водохранилища возникла новая традиция «Леушинского молитвенного стояния» у установленного креста. Ежегодно накануне престольного праздника Иоанно-Предтеченского Леушинского монастыря 24 июня/7 июля (Рождество Иоанна Предтечи) у селения Мякса Череповецкого района, ближайшего к затопленному монастырю, собираются паломники из разных городов и весей России. Совершается служба в память более 100 затопленных храмов под водами рукотворного потопа. Это стояние верности Святой Руси.
